"Вильярреал" располагается в городе Вильярреаль из провинции Кастельон, входящей в состав автономного сообщества Валенсия.  Клуб был основан в 1923 году, но  первые годы своего существования пребывал в региональных лигах. Лишь в сезоне 1956 года команде удалось наконец выйти в третий дивизион, но и там она задержалась совсем не надолго, вновь отправившись в региональную лигу.

Лишь в 1967 году "жёлтой подводной лодке" удалось всплыть в Терсеру, где спустя три сезона она заняла первое место и отправилась в Сегунду, но повышении в классе оказалось краткосрочным – всего два сезона. Прозвище команды "жёлтая подводная лодка" появилась ещё в далёком сорок шестом году, после того как было принято решение сменить клубные цвета с чёрно-белых на жёлтые. А дальше последовал настоящий застой, на протяжении четырнадцати(!) сезонов команда находилась в самом слабом дивизионе Испании – Терсере. Никаких перспектив для развития видно не было и "Вильярреал" влачил жалкое существование.

Однако девяностые годы стали трамплином в светлое будущее для "подводников", сначала им удалось закрепиться в Сегунде, а в сезоне 1998/99 команда впервые за всё своё существование оказалась в Примере. И пусть первый сезон для "жёлтых" был провален и они вновь опустились во второй дивизион, но уже через год команда вернулась, как оказалось, всерьёз и надолго. В 2001 году "жёлтая подводная лодка" оказалась сразу на седьмом месте, после чего два сезона подряд клуб боролся за выживание, но уже с 2004 года "Вильярреал" стал входить в число сильнейших клубов Испании. В сезоне 2004/05 "жёлтые" впервые сумели попасть в тройку лучших, а Диего Форлан завоевал "Трофей Пичичи" с двадцати пятью голами. Тремя сезонами позднее "подводники" добились пока что самого громкого успеха за свою историю – второго места в Примере сразу за мадридским "Реалом".

Особенно стоит отметить европейские успехи "Вильярреала". В 2003 и 2004 годах "жёлтая подводная лодка" сумела выиграть Кубок Интертото, но это стало лишь началом европейских успехов. Через год благодаря третьему месту в Ла Лиге клуб сумел впервые сыграть в Лиге Чемпионов, где сразу же сотворил сенсацию. Команда сумела выйти из группы с первого места, обойдя даже "Манчестер Юнайтед". В одной восьмой финала "Вильярреал" одолел шотландский "Глазго Рейнджерс", а в четвертьфинале был взят верх над самими "Интером"! Но выйти в финал испанцам помешал лондонский "Арсенал", пройдя по сумме двух матчей лишь благодаря  единственному голу. Матч получился крайне трагическим для "Вильярреала", ведь испанцы вполне могли выходить в финал, забей пенальти Рикельме на последней минуте, но Йенс Леманн парировал его удар и "канониры" прошли дальше. В последние годы команда в основном играла в Кубке УЕФА и Лиге Европы, но такого успеха как в 2006 году у неё пока не было.

Родной ареной "Вильярреала" является "Эль-Мадригал", основанный в 1923 году. Он вмещает 25 000, с учётом того, что в Вильярреале проживает менее пятидесяти тысяч человек.
 

Основные достижения

Кубок Интертото (2):  2003, 2004