После развала Советского Союза футбольный юг России начал ассоциироваться с нестабильным выступлением команд, неспособностью вести хороший менеджмент, волнообразными решениями руководителей клубов. На этом фоне ростовская команда продолжала оставаться эталоном стабильности и образцом для подражания. Клуб тринадцать лет подряд выступал в высшей лиге отечественного чемпионата, пока его южные географические соседи веселились тем, что регулярно меняли прописку.

Ростов – на - Дону – город футбольный. Если в советское время в высшем свете пребывала одна городская команда, то с образованием нового чемпионата шансы появились у другого клуба. В 1930-м году произошло образование команды "Сельмашстрой". Целых двадцать лет команда не принимала участия в профессиональных соревнованиях, ограничиваясь местным уровнем. Лишь через пять лет после окончания Великой Отечественной Войны команда стартовала в чемпионате РСФСР. Южная зона Азово – Донской группы стала пристанищем для двадцатилетнего коллектива. Второго мая сельмашевцы дебютировали в первенствах СССР, добившись победы в игре против алма-атинского "Динамо" со счётом 2:1.

Успешное выступление ростовчан привело к тому, что  в 1953-м году команда перешла в класс "Б". В ту пору в составе донского коллектива выступал один из самых известных советских нападающих за всю историю Виктор Понедельник. Нападающий провёл в составе ростовчан пятьдесят восемь встреч и забил тридцать два мяча. В 1958-м году Понедельник, будучи игроком команды класса "Б", получил приглашение в национальную сборную СССР! Свой знаменитый "золотой мяч" в финале Кубка Европы-60 Понедельник забивал уже в качестве игрока СКА. Положительная динамика продолжилась, и в 1965-м году ростовчане перебрались во вторую группу класса "А". Во второй лиге чемпионата СССР ростовчане продержались до 1985-го года, а последние сезоны союзного футбола сельмашевцы провели уже в первой лиге.

В соответствии с выработанной практикой перевода всех российских команд в высшую лигу после развала единой страны, ростовчане начали дебютное первенство в классе сильнейших. Из-за раннего начала матча против ярославского "Шинника", матч первого тура "Ростсельмаша" стал первым в истории новейшего российского футбола. Попали дончане в историю и по другому поводу: пропустив на двадцать седьмой минуте мяч от Александра Тихонова, они стали первой командой, которая пропустила гол в чемпионате России. К сожалению большого города, ростовчане не смогли закрепиться в элите сильнейших, но вернулись туда уже в 1995-м году. В составе команды своей игрой выделялись Сергей Балахнин и Сергей Андреев – два будущих наставника дончан. Андреев, закончив карьеру игрока в 1995-м году, не испугался возглавить родную команду даже без тренерского опыта. Сергей Васильевич проработал с клубом пять лет.

Именно при Андрееве ростовчане получили право играть в еврокубках. Один из самых памятных моментов в истории местного футбола случился в третьем раунде Кубка Интертото, когда в Ростов-на-Дону пожаловал основным составом сам туринский "Ювентус"! На итальянцев пришёл смотреть весь город, цены на билеты взлетели в несколько раз. Пессото, Давидс, Анри – звёзды туринского клуба обыграли ростовчан, но сам город ещё долго жил воспоминаниями звёздной встречи. В 2000-м году ростовская команда вновь предприняла попытку попасть в Кубок УЕФА через Кубок Интертото, но и на сей раз более известный европейский клуб (французский "Осер") остановил дончан.

В 2003-м году произошло переименование команды, которая стала называться в честь родного города. ФК "Ростов" добился огромного успеха, пробившись в финал Кубка России, но проиграл с минимальным счётом московскому "Спартаку". В том же году ростовчане совершили настоящую кадровую революцию, собрав под клубными знамёнами многочисленных легионеров. Такие игроки как Милош Крушчич, Гифт Кампамба, Мэттью Бут, Яфет Зване, Тони Койл и другие моментально стали любимцами и видными персонажами в Ростове-на-Дону. Для Мэттью Бута переход в "Ростов" стал ступенькой к дальнейшему росту, а Милош Крушчич надолго стал своим в российском футболе. Донской коллектив всегда славился своими футболистами. Роман Адамов, Дмитрий Лоськов, Дмитрий Кириченко, Михаил Осинов, Александр Маслов, Юрий Ковтун и многие другие игроки прославляли клубные цвета. Богатейшие традиции не помогли "Ростову" сохранить прописку в элитном дивизионе в 2007-м году, но через один сезон дончане вновь вошли в класс сильнейших.  
 

Основные достижения

Финалист Кубка России - 2003 г.
Полуфиналист Кубка Интертото - 2000 г.