Первым клубом, появившимся на Балеарских островах, стал "Мальорка". В 1916 году местный инженер Адольфо Васкес основал клуб "Хунта Директива Альфонсо XIII" в честь действующего короля. Спустя год команда была переименована в "Реал Сосьедад Альфонсо XIII", и только в 1931 году она получила своё привычное название -  "Мальорка". К слову, королевскую приставку "Реал" команда удостоилась лишь в 1949 году.

Свои первые годы команда провела в региональных лигах, лишь после Второй мировой войны "Мальорка" смогла перевестись из любителей в Сегунду. Долгое время островной клуб болтался во втором дивизионе без всякой надежды пробиться выше. Только  в 1961 году "Мальорка" впервые сумела выйти в Ла Лигу, где сразу же заняла девятое место. Продержавшись в элите три года, команда вновь отправилась в Сегунду, лишь пару раз возвращаясь в Примеру, чтобы сразу же её и покинуть. Конец семидесятых ознаменовал настоящую пропасть для "барралетс", когда последовал вылет в Терсеру.

История "Мальорки" – это история после девяностых годов, когда клуб сумел наконец выйти в Примеру и надолго закрепиться там. В 1991 году под руководством Льореннса Серра Феррера команда впервые вышла в финал Кубка Испании, где уступила мадридскому "Атлетико" лишь в дополнительное время. Сезон 1991/92 команда с островов провалила, заняв позорное последнее место, и вновь отправилась в Сегунду. Вернуться им удалось в 1997 году, после чего "Мальорка" и по сей день продолжает играть в Примере.

Возвращение в элиту было сопровождено первым серьёзным успехом команды. Под руководством Эктора Купера "Мальорка" выходит в финал Кубка Испании, где вновь проигрывает, на сей раз "Барселоне" в серии послематчевых пенальти. Но уже летом "барралетс" завоевывают первый трофей – Суперкубок. Островитяне сумели отмстить "Барселоне", одолев каталонский клуб в двухматчевом противостоянии. Этот успех позволил клубу впервые в своей истории попробовать свои силы в еврокубках. В Кубке Кубков команда Купера сумела добраться до финала, где встречалась с римским "Лацио".  На гол Кристиана Вьери в первом тайме ответил Дани Гарсия, казалось, что судьба "Мальорки" вновь решится после основного времени матча, но Павел Недвед за девять минут до финального свистка подарил "орлам" последний в истории Кубок Кубков.

Тем не менее успехи команды не закончились, в 1999 году она поднялась на третью строчку, а спустя два года уже под руководством Луиса Арагонеса повторила это достижение. Именно в 2001 году "Мальорка" сумела набрать семьдесят одно очко за сезон – лучший результат для клуба за всю историю. В это время островитяне стали одним из флангманов испанского футбола. Тогда за "барралетс" выступали такие футболисты как Вальтер Пандиани. Самуэль Это О, Альберт Риера, Ибагаса, Лео Франко. А в 2003 году футболисты "Мальорки" подняли над головой Кубок Испании. Финал в том году получился действительно удивительным – "Рекреативо" против "Мальорки". Два гола Это О и мяч Пандиани обеспечили уверенную победу номинальным гостям. Стоит отметить, что в четвертьфинале "Мальорка" встречалась с мадридским "Реалом" и одержала сокрушительную победу 5-1 по сумме двух матчей.

После таких громких успехов последовал спад, в результате которого команда стала находиться в середине турнирной таблице. В 2008 году "Мальорка" отметилась удивительным достижением, несмотря на то, что команда заняла седьмое место, её форвард Дани Гуиса взял "Трофей Пичичи" с двадцатью семью голами за сезон.

Сезон 2009/10 стал очень успешным для команды, она заняла пятую строчку и получила право играть в Лиге Европы, но финансовое положение клуба оказалось не столь замечательным. Долг клуба составил примерно 51 миллион фунтов стерлингов, после чего команда была объявлена банкротом, а 22 июля УЕФА забрала лицензию у "Мальорки" на право играть в Лиге Европы. Несмотря на это бизнесмены и спонсоры сумели частично погасить долг перед новым сезоном, даже известный теннисист Рафаэль Надаль, родившийся на Мальорке, купил часть акций клуба. В итоге, клуб сможет принять участие в своём четырнадцатом сезоне подряд в Примере, более того команда обзавелась новым тренером. Грегорио Манзано сменил датский специалист Микаэль Лаудруп.

"Мальорка" играет свои матчи на стадионе "ОНО Эстади", построенного в 1999 году. Он вмещает 23 142 зрителя. До этого клуб выступал на арене "Эстадио Луис Ситьяр".
 

Основные достижения

Кубок Испании(1): 2003

Суперкубок Испании (1): 1998

Победитель Сегунды (2): 1959/60, 1964/65.